第二次改版一年以后，2001年11月，《东方时空》再次改版。这次改版，节目时长缩短到45分钟。舍弃原来的《传媒链接》、《直播中国》等子栏目，增加注重新闻背景的深度报道栏目《时空连线》。
2004年，《东方时空》第四次改版。播出时间由早间转移到傍晚的18点，仍然保留原有的《时空连线》、《东方之子》和《百姓故事》3个子栏目，但打破它们各自独立的状态，每期栏目依据当天的具体内容调整子栏目的时长。
2008年3月，《东方时空》第五次改版。这次改版的幅度最大，栏目形态由已经坚持了15年之久的新闻杂志转变为新闻专题，栏目时长由45分钟缩短为30分钟，首播时间由综合频道下午时段转移至新闻频道晚间黄金时段。新版《东方时空》完全舍弃了上一版的3个子栏目，每期只播出一个专题，在内容上注重背景，挖掘事件的来龙去脉、前因后果。
毫无疑问，《东方时空》曾经是中国电视界最响亮的品牌之一。然而，今天还有多少年轻人尊重这个品牌，喜爱这个品牌？《东方时空》品牌的衰落，与其他节目质量的提升、人事的变更都有一定关系。然而，从《东方时空》自身来看，品牌内涵的频繁变化是一个不容忽视的原因。《东方时空》的黄金期是1996年到2000年这4年多的时间，也是《东方时空》节目形态最为稳定的一段时间。在这4年间，《东方时空》保持着电视新闻杂志的节目形态，其4个子栏目《面对面》、《东方之子》、《生活空间》、《时空报道》也成长为深入人心的子品牌。如果能够继续坚持这样的节目形态，在必要的时候进行一些小幅度的调整，《东方时空》的鼎盛期还能延续一段时间。