随着地位的改变和权势的增强，武后一反过去那种“屈身忍辱，奉顺上意”的谦恭姿态，而是作威作福，连高宗的行动偶尔也受其掣肘，甚至到了不堪容忍的地步。麟德元年(664)十月，高宗借武后私引道士入宫行厌胜之术一事，与宰相上官仪商议废掉武皇后。上官仪也说：“皇后专恣，海内失望，宜废之以顺人心。”
但在上官仪刚把起草的诏书送给高宗的时候，武后得知此事，立即上诉，极力分辩。懦弱的高宗在武后面前却一时感到“羞缩不忍”,把废皇后的事推到了宰相的身上，致使上官仪忍辱负重，后又以与流放的太子李忠谋反为名含冤下狱，后处以死刑。不少朝臣也受到了株连。从此，高宗每次上朝听政，武后则垂帘于后，“政无大小，皆与闻之。天下大权，悉归中宫，黜陟、杀生，决于其口，天子拱手而已，中外谓之二圣”。
武后制伏了高宗以后，厄运便很快降临到子嗣们的头上。
首遭横祸的是高宗长子李忠。李忠本后宫刘氏所生，先封为陈王。王皇后无子，因请求高宗被立为太子。王皇后政争失败，武后长子李弘被立为太子，于是李忠被废，改封为梁王，不久被流放到黔州。武后以上官仪早年曾任陈王咨议为借口，唆使许敬宗诬告上官仪与李忠谋反，被赐死于贬所。
高宗次子原王李孝因早死，没受迫害。继而遭祸殃的是高宗三子李上金与四子李素节。李上金是后宫杨氏所生，先封为杞王，后转任寿州刺史。武后嫉恶其生母，乾封元年(666)有人迎合她的旨意，诬奏李上金罪状，被罢免了官职，削掉了封邑，禁锢于澧州(治今湖南澧县)。