随着地位的改变和权势的增强,武后一反过去那种“屈身忍辱,奉顺上意”的谦恭姿态,而是作威作福,连高宗的行动偶尔也受其掣肘,甚至到了不堪容忍的地步。麟德元年(664)十月,高宗借武后私引道士入宫行厌胜之术一事,与宰相上官仪商议废掉武皇后。上官仪也说:“皇后专恣,海内失望,宜废之以顺人心。”
但在上官仪刚把起草的诏书送给高宗的时候,武后得知此事,立即上诉,极力分辩。懦弱的高宗在武后面前却一时感到“羞缩不忍”,把废皇后的事推到了宰相的身上,致使上官仪忍辱负重,后又以与流放的太子李忠谋反为名含冤下狱,后处以死刑。不少朝臣也受到了株连。从此,高宗每次上朝听政,武后则垂帘于后,“政无大小,皆与闻之。天下大权,悉归中宫,黜陟、杀生,决于其口,天子拱手而已,中外谓之二圣”。
武后制伏了高宗以后,厄运便很快降临到子嗣们的头上。
首遭横祸的是高宗长子李忠。李忠本后宫刘氏所生,先封为陈王。王皇后无子,因请求高宗被立为太子。王皇后政争失败,武后长子李弘被立为太子,于是李忠被废,改封为梁王,不久被流放到黔州。武后以上官仪早年曾任陈王咨议为借口,唆使许敬宗诬告上官仪与李忠谋反,被赐死于贬所。
高宗次子原王李孝因早死,没受迫害。继而遭祸殃的是高宗三子李上金与四子李素节。李上金是后宫杨氏所生,先封为杞王,后转任寿州刺史。武后嫉恶其生母,乾封元年(666)有人迎合她的旨意,诬奏李上金罪状,被罢免了官职,削掉了封邑,禁锢于澧州(治今湖南澧县)。