明代书院的经费，主要来自田租。书院的学田，无论是官方设立的还是私立的书院，主要都是由地方政府拨给的荒闲地、无主土地，其次则为私人捐献的土地。如岳麓书院的学田，弘治时由地方官李锡、吴世忠和监生李经、甘归受等人先后捐献87亩。嘉靖年间王秉良又捐献18亩，孙存捐献68亩，季本捐献102亩，林华捐献50亩，并向官府请得荒田198亩，恢复书院原有田地290亩。总计岳麓书院拥有土地2220余亩，可收地租880余石。
明代书院经费的支出，主要是为生徒、外地学者提供食宿、灯火、文具之费。如湛若水在广东大科书院所作的堂训规定：书院所拥有的捐献土地，不论每年收入租谷多少，全部储存在公仓之中，凡是贫穷的生徒及来自远方不能携带食粮的生徒，都可以支取粮食。书院的经费，还有一部分用来藏书和刻书。不少书院都建有尊经阁、御书楼等以藏书。除了藏书外，还注重刻书，影响很大。
