弗里德里希是皇帝亨利六世的儿子，他的母亲是西西里诺曼王罗哲尔一世的女儿。1198年，他四岁时继承了西西里王国。英诺森三世成为他的监护人。那时的西西里刚刚被诺曼人征服；其宫廷是半东方式的，宫廷里有很多知识渊博的阿拉伯人；有一些人还参与到对年轻国王的教育中。毫无疑问，向他解释清楚他们的观点是有一定的困难。他既接受了伊斯兰教徒眼中的基督教义，又接受了基督教徒眼中的伊斯兰观念。不幸的是，这双重教育的后果，就是他认为一切宗教都是虚伪的，这在那个信仰的时代是少有的。他自由的谈论各种话题；他的不信神、不敬神是有记载的。
当这个年轻人长大以后，他就和自己的监护人发生了冲突。英诺森三世对他的被监护人要求太多了。当弗里德里希有机会继位为罗马帝国皇帝时，教皇提出了干预条件：弗里德里希必须以强硬手腕镇压日耳曼境内的异教徒，另外，他还必须放弃西西里和意大利南部的王位，因为不这样，他的力量对于教皇来说太强大了。同时，日耳曼境内的神父的一切捐税都要免除。弗里德里希答应了——不过他并不打算遵守这些诺言。教皇已诱使法兰西国王在法兰西对自己的臣民发动了一场镇压沃尔多教派的残酷和血腥的战争；他希望弗里德里希在日耳曼也同样做。因此，当英诺森催促他征讨伊斯兰教徒，拯救耶路撒冷时，他一方面口头上答应，另一方面在行动上敷衍了事。