王安石认真阅读完司马光的书信之后，写了《答司马谏议书》回复：“如君实责我以在位久，未能助上大有为，以膏泽斯民，则某知罪矣，如曰今日当一切不事事，守前所为而已，则非某之所敢知。”后来，他们二人因为变法的事闹得很不愉快，甚至到了决裂的地步。为了赌这一口气，司马光还跟皇帝提出辞职，理由是要隐居洛阳专心编纂《资治通鉴》一书。赵顼左右为难，但内心还是更倾向于王安石的变法，犹豫一番，最后还是选择同意司马光辞官。
按照常理，遭到这么多人的指指点点，心理素质再好的人也会有点挺不下去，忍不住会选择放弃。然而王安石在朝议纷纷面前，依旧冷静沉着、不为所动，还提出了“天变不足惧，人言不足恤，祖宗之法不足守”的口号。赵顼对王安石也表示十分支持，说：“人臣但能言道德，而不以功名之实，亦无补于事。”主张道德与功名并重，反对守旧派空言道德、在政治上无所作为的做法。在两派争议中，赵顼还先后罢退了一批对变法持否定意见的官员：比如御史中丞吕公著“以请罢新法出颍州”“御史刘述、刘琦、钱锣、孙昌龄、王子韶、程颢、张戬、陈襄、陈荐、谢景温、杨绘、刘挚，谏官范纯仁、李常、孙觉、杨宗愈皆不得言，相继去”“翰林学士范镇三疏言青苗，夺职致仕”，欧阳修乞致仕，“乃听之”“富弼以格青苗解使相”，文彦博言市易与下争利，“出彦博守魏”。