最后是强化个人的控制。李鸿章至上海后，即仿照曾国藩的做法，除了其亲弟李昭庆、李鹤章为统领外，还提拔重用同乡亲友，如刘铭传、张树声、潘鼎新、吴长庆、周盛传等皖中最早参加淮军的团练头目，都被提拔为统领。籍贯为安徽的原绿营将领和太平军降将，也得到重用。前者如况文榜，后者如从湘军拨来之程学启，至上海后收降之骆国忠、吴建瀛等。此外，李鸿章还把同乡好友蒯德模、蒯德标，乡试同年凌焕，会试同年陈鼐等人，分别委以主持营务、厘局、粮台、文案等重任，随着苏常的收复，其中一些人又被委任实缺府县官和道员。
李鸿章组建淮军之所以取得这样大的成就，除了曾国藩的支持，以及巨额的上海税收作物质基础外，西方国家的支持也是一个极其重要的因素。李鸿章至上海后，频繁与英、法等国军政人员往来，参观其军队操演，购买其新式武器，采用西法训练，聘用西方军人，表现出良好的合作态度。再加上淮军的战斗力又远远超出绿营，西方列强也乐于与其合作并给予大力支持。到1864年（同治三年）太平天国首都沦陷前后，淮军已摆脱湘军的附庸地位，上升为兼有军政实力、自成系统、几与湘军分庭抗礼的独立集团。
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