黄万里说：“总之，‘有坝万事足，无泥一河清’的设计思想会造成历史上严重的后果。坝的功用只不过是调节流率，从而替治河创造优良的条件，决不能认为有了坝就可以治好河。”
1957年6月10至24日，国务院召集了全国70名专家，在北京讨论苏联专家已设计好的“黄河三门峡水库方案”。会上只有黄万里一人坚决反对在三门峡建坝。
他认为不能在这个淤积段上建坝，否则下游的水患将移至中游关中平原，而且河道里的泥沙起上游切割、下游造陆的自然作用，建坝拦沙让黄河清是违反自然规律，是不现实的，何况清水出库对下游河床也不利。
会上争辩七天未果，黄万里退而提出：“若一定要修此坝，建议勿堵塞六个排水洞，以便将来可以设闸排沙。”此提议达成共识通过，然而施工时，苏联专家却坚持原设计，将六个底孔堵死了。到70年代，这些底孔又以每个1000万元的代价打开。曾参与三门峡工程技术工作的一位著名教授在《自述》中坦承：“参加了导流廊道的封堵，造成水库淤积，危及关中平原，必须重新打开导流廊道，增建冲沙泄洪隧洞，减少水电装机容量，为此深感内疚，看来要坚持正确意见，还是很不容易的。”
