居正以在阁办事，只有吕调阳一人，不胜烦剧，复引荐礼部尚书张四维。四维尝馈问居正，四时不绝，所以居正一力荐举。向例入阁诸臣，尝云同某人等办事，至是直称随元辅居正等办事。四维格外谦恭，对着居正，不敢自称同僚，仿佛有上司属吏的等级，平时毫无建白，只随着居正拜赐进宫罢了。卑屈至此，有何趣味。惟四维入阁后，礼部尚书的遗缺，就用了万士和。士和初官庶吉士，因忤了严嵩，改为部曹，累任按察布政使，并著清节，及入任尚书，屡上条奏，居正颇嫉他多言。会拟越级赠朱希忠王爵，士和力持不可，给事中余懋学，奏请政从宽大，被居正斥他讽谤，削籍为民。士和又上言懋学忠直，不应摧抑，自遏言路。种种忤居正意，遂令给事中朱南雍，奏劾士和，士和因谢病归休。
适蓟州总兵戚继光，击败朵颜部长董狐狸，生擒狐狸弟长秃，狐狸情愿降附，乞赦乃弟。继光乃将长秃释回，酌定每岁贡市，一面由巡按辽东御史刘台，上书奏捷。居正以巡按不得报军功，劾台违制。台亦抗章劾居正，说他擅作威福，如逐大学士高拱，私赠成国公朱希忠王爵，引用张四维等为爪牙，排斥万士和、余懋学等，统是罔上行私的举动，应降旨议处等情。居正自入阁秉政，从未遇着这种弹章，见了此疏，勃然大怒，当即具疏乞归。神宗急忙召问，居正跪奏道：“御史刘台，谓臣擅威福，臣平日所为，正未免威福自擅呢。但必欲取悦下僚，臣非不能，怎奈流弊一开，必致误国。若要竭忠事上，不能不督饬百官。百官喜宽恶严，自然疑臣专擅。臣势处两难，不如恩赐归休，才可免患。”说至此，随即俯伏，泣不肯起。无非要挟。神宗亲降御座，用手掖居正道：“先生起来！朕当逮问刘台，免得他人效尤。”居正方顿首起谢。当下颁诏辽东，逮台入京，拘系诏狱，嗣命廷杖百下，拟戍极边。居正反上疏救解，故智复萌。乃除名为民。未几，辽东巡抚张学颜，复诬劾台匿赎锾（huán），想是居正嗾使。因复充戍浔州。台到戍所，就戍馆主人处，饮酒数杯，竟致暴毙。这暴毙的情由，议论不一，明廷并未诘究，其中弊窦，可想而知，毋庸小子赘说了。不说之说，尤胜于说。