但是，米尔纳一直主张英国人对南非绝对控制，他的信条十分明确，就是要使英国因素在政治上和文化上均占绝对优势，为此他采取了许多推行其意图的举措，结果不但使布尔人以及帝国的其他自治地区反对他，更使英国政府因其违背安抚布尔人心的准则而否决了他的行动，最终招致失败，而他的失败又进一步反证了推行自治制度的必要性。
首先，米尔纳主张采取“自上而下”的方式，由殖民当局强制将纳塔尔、开普、德兰士瓦和奥兰治自由邦联合成为一个南非联邦。他认为，德兰士瓦和奥兰治已在英国的控制之下；纳塔尔大部分为讲英语的人口，会支持这一方案；唯有开普，那里白人中的绝大多数是布尔人[15]，因此他在战争期间就一直要求中止开普的自治宪法，以剥夺当地布尔人的公民权，建立英国人的统治。该举动不但遭到了布尔人的反对，也遭到了主张维护白人殖民地自治传统的英国当局的强烈反对。人们普遍认为，英国政府无权取消殖民地自治宪法，如果在开普开这个先例的话，则必然会动摇帝国赖以建立的基础。因此，连一贯支持米尔纳的张伯伦也表示异议，认为此举不仅会妨碍英布合作，而且有可能招致加拿大和澳大利亚等自治殖民地的反对。张伯伦的担心不无道理，加拿大、澳大利亚对于开普危机十分关注，担心如果英国政府取消开普的自治权，则有可能危及它们自身的自治。所以，1902年帝国会议上，加拿大总理洛里埃（Wi lfrid Laurier）和澳大利亚总理巴顿（Edmund Barton）皆反对英国政府有可能做出的任何对自治政府的干涉。[16]自治地区的态度促使张伯伦表态，即英帝国最好不要介入，而把问题“尽可留给一个自治的殖民地政府负责”[17]。在各方面的压力下，开普宪法最终予以保留，开普议会重新召开。米尔纳自上而下建立南非联邦的计划宣告破产。