亨利四世没有拒绝胡格诺的要求,因为拒绝就要重燃战火,濒临毁灭边缘的法兰西无法再经受这种折磨。经过反复磋商,双方终于达成协议。1598年四五月间,亨利颁布《南特敕令》,宣布:天主教为法国国教,全国实行天主教礼拜和仪式,恢复天主教僧侣的权利和财产,修复或重建被毁的教堂;加尔文教徒享有宗教自由,拥有与天主教徒相同的公民权,可以担任官职、举行宗教和政治集会(但地点、人数和形式均有限制)、兴办学校和医院,可以与天主教徒通婚。为担保敕令的执行,胡格诺在8年内仍可保有2.5万军队(当时国王只有1万军队)和100多个城堡,如拉罗舍尔、蒙彼利埃和孟托班等,但国王只负担官员的俸禄,所需军费须自理。在巴黎、波尔多、图鲁兹和格勒布诺尔,设专门法庭(在巴黎由16人组成,胡格诺占6人;在其他地方,双方各占一半)负责处理执行敕令过程中涉及胡格诺的案件。
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