3月16日，六届二中全会通过《对于政治协商会议报告之决议案》，表示“在协商进程中，凡属国家民族利益所在，本党均不惜以最大之容忍为多方之退让，委曲求全，俾底于成”；对于政协决议，“自当竭诚信守，努力实践”。然而，对于政协决议所要解决的中心问题“政治民主化”与“军队国家化”，该案独责中共，要求中共“使政治民主化之原则不致因任何障碍而不能普遍实现”；对于整军协议，“务须切实履行。尤其目前一切停止冲突，恢复交通之成议，必须迅确实现；封锁、围城、征兵、扩军及军队之调动，必须即刻停止。”此种指责，显然只能恶化本已脆弱的国共互信。更关键的是，决议明确提出：“所有对于五五宪草之任何修改意见，皆应依照建国大纲与五权宪法之基本原则而拟订，提由国民大会讨论决定。”这种实际推翻政协决议的主张，势必将引起中共的强烈反弹，从而危及政协决议实行的前途。该决议案在文字上对政协决议并未多有涉及，却用了大段文字指责中共，并对宪草问题作了鲜明表态，而这样的决议还是在蒋介石亲自坐镇掌控下才得以通过，于此亦可见国民党内反对政协决议呼声之高。但此决议既未对政协表示公开反对，维持了国民党的公众形象，敷衍了党内温和派；又对中共严加斥责，并在宪法问题上推翻了政协决议，满足了党内强硬派的要求，也为蒋介石所乐观其成。二中全会还将对宪法草案的修改意见具体化，要求：（1）宪法应以建国大纲为依据；（2）国民大会应为有形组织，用集中开会方式行使职权；（3）立法院对行政院不应有同意权及不信任权，行政院亦不应有提请解散立法院之权；（4）监察院不应有同意权；（5）省无须制定省宪。这就将国民党反对政协通过的宪法原则之意见公开化。全会还在蒋介石的建议下，决定国府委员由国府主席提请国民党中央执行委员会选任，在中执会闭会期间，提请中常会选任；在国防最高委员会撤销后，恢复设立中央政治委员会，作为国民党对于政治的最高指导机构。这两项决定着眼于即将进行的政府改组，以保证国民党仍可控制政府的人事与决策。